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A Fap-Unifesp é uma fundação de apoio, de direito privado e sem fins lucrativos, criada para viabilizar a captação e gerenciamento de recursos vinculados a projetos e dar apoio administrativo e finalístico a projetos institucionais da universidade, excluída a gestão do hospital universitário. Foi instituída em maio de 2005 e credenciada no mesmo ano, pelos Ministérios da Educação e da Ciência e Tecnologia, como fundação de apoio à Unifesp (DOU 24 de novembro de 2005, seção 1, página 42). Este credenciamento bienal foi renovado em 2007 (DOU 20 de dezembro de 2007, seção 1, página 51) e em 2009 (DOU 24 de dezembro de 2009, seção 1, página 100).